| 2005 | Nagroda Prezesa Rady Ministrów za wyróżniającą się rozprawę doktorską | Tomasz Kapela | Pokaż |
| 2021 | Nagroda Pro Arte Docendi | Piotr Tworzewski | Pokaż |
| 2014 | Nagroda Pro Arte Docendi | Krzysztof Ciesielski | Pokaż |
| 2016 | Nagroda Pro Arte Docendi | Marek Jarnicki | Pokaż |
| 2006 | Nagroda Pro Arte Docendi | Jerzy Ombach | Pokaż |
| 2020 | Nagroda Rektora "Laur Jagielloński" | Wojciech Kucharz | Pokaż |
| 2014 | Nagroda Rektora "Laur Jagielloński" | Zbigniew Błocki | Pokaż |
| 2011 | Nagroda Rektora "Laur Jagielloński" | Marian Mrozek | Pokaż |
| 2010 | Nagroda Rektora "Laur Jagielloński" | Sławomir Kołodziej | Pokaż |
| 2005 | Nagroda Rektora "Laur Jagielloński" | Franciszek Hugon Szafraniec | Pokaż |
| 2003 | Nagroda Rektora "Laur Jagielloński" | Józef Siciak | Pokaż |
| 2006 | Nagroda Rektora UJ im. Hugona Kołłątaja | Krzysztof Ciesielski, Zdzisław Pogoda | Pokaż |
| 2007 | Nagroda Rektora UJ im. Hugona Kołłątaja | Edward Tutaj | Pokaż |
| 2009 | Nagroda Rektora UJ im. Hugona Kołłątaja | Jerzy Szczepański | Pokaż |
| 2010 | Nagroda Rektora UJ im. Hugona Kołłątaja | Armen Edigarian | Pokaż |
| 2013 | Nagroda Rektora UJ im. Hugona Kołłątaja | Dominik Kwietniak, Leszek Pieniążek | Pokaż |
| 2016 | Nagroda Rektora UJ im. Hugona Kołłątaja | Marcin Kulczycki | Pokaż |
| 2019 | Nagroda Rektora UJ im. Hugona Kołłątaja | Andrzej Czarnecki, Andrzej Grzesik, Martha Łącka | Pokaż |
| 1988 | Nagroda Sekretarza Naukowego Polskiej Akademii Nauk | Marek Jarnicki | Pokaż |
| 2016 | Nagroda Złotej Róży za najlepsza książkę popularnonaukową polskiego autora | Krzysztof Ciesielski, Zdzisław Pogoda | Pokaż |
| 2013 | Najlepsza praca naukowa dotycząca matematyki i jej zastosowań | Andrzej Krajniak, Marian Mrozek, Marcin Żelawski | Pokaż |
| 2018 | Open Mind Prize | Andrzej Grzesik | Pokaż |
| 2017 | Prix Szolem Mandelbrojt | Sławomir Dinew | Pokaż |
